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Las carpetitas no sé (pregunta a Bookeen, es lo mejor).

Sobre los archivos PRC y Mobi, sí, son lo mismo. El Creator te genera un OPF. Lo abres con el Creator, pones los metadatos que quieras, le...

Depende del formato.
si es en formato pdf, tonces hace zoom a toda la pantalla y tienes que moverla con las flechas para ver el contenido.

Si es formato epub (por ahora no he probado fb2) amplia...