Creo que uno de los plugins de Calibre específicos para los Kobo (me suena que las Utility Tools) tiene por ahí un check para extraer las anotaciones. No es para sincronizar, sino para extraer el texto subrayado y si has hecho una nota, te la pone junto al texto. Sin embargo no lo he usado nunca, si aquí no encuentras información puedes buscarla en el foro de mobileread, pero tendrás que manejarte con el inglés.