El problema actualmente es encontrar lectores que tengan ranura para micro SD. La tendencia es a su desaparición.
De los que hay yo he tenido problemas con Bookeen y Tagus/Onyx. Con el PocketBook Touch HD bastante bien (aunque se resiente algo la batería) y con el Boyue T62D, con un
firmware personalizado Onyx instalado, he tenido cero problemas. Hoy día es el único lector donde utilizo una tarjeta de memoria de 32 GB repleta de libros. También está el Kobo Aura H2O (edición original), que se puede utilizar con programas alternativos como KOReader o CoolReader y que admiten la lectura de archivos ocultos para evitar problemas de indexación. Hace tiempo que no lo tengo y no te puedo hablar de primera mano ahora de sus resultados en este sentido. Pero bien estructurados los archivos no deberían dar problemas.