Bueno, he estado investigando por ahí y no, no encuentro explicación a este fenómeno. Lo que si he encontrado es una versión del Book Designer ya preactualizada a 5.0 y portable en el foro de todoumpc que sorprendentemente sí convierte archivos .doc (luego no era fallo de mi instalación de office).

Dejo aquí el link por si hay alguien interesado en una versión portatil del Book Designer.
http://rapidshare.com/files/132147116/ConversorBD.rar
Los méritos a trouxx, de allí, que fue quien la subió.