A que te refieres con cortar? Cuando yo lo pongo en apaisado me enseña primero una parte de la página y luego otra (arriba y abajo para entendernos) Y todo completo.
Te he hecho unas fotos con el movil (mal hechas pero para que te hagas una idea.Media y media y luego una de la página entera.
Yo parto de cbr. Lo añado al calibre y convertir en epub. Yo no cambio a paisado en el epub, si no que lo hago en el lector, cambiando la orientación de lectura de la pantalla en opciones.
Eso si, tengo seleccionado en el calibre convertir para formato de pantalla dispositivos sony, pero tampoco creo que eso tenga mucho que ver.