Ábrelo desde "leyendo ahora". Lo mantienes pulsado y te saldrá "abrir con". Antes de abrirlo con " AlReader" marcas una pestaña debajo que te dice algo así como "abrir siempre este formato con esta aplicación". Desde ese momento todos los epub se abrirán con AlReader.
Respecto al Coolreader de Jotas sigue buscando que está.