Las notas no las he probado pero, en general, me temo que el soporte de notas a pie de página en vez de a fin de libro en EPUB en general es tirando a cero (hay una discusión en torno a este tema en mobileread). Y a mí en la portada no me sale un margen blanco abajo enorme, está encajada en la pantalla todo lo que se puede respetando proporciones de la imagen.