Pues me lo bajé e instalé hace un par de semanas así que digo yo que será de lo último (mirando en el about, de Enero de este año) y como te digo fue abrir un epub y guardarlo sin modificar nada. En el ordenador se me habría bien (aunque me creaba 2 páginas al empezar, en una con la palabra error) pero continuaba igual.
En cualquier caso, si tengo que editar un fb2, normalmente son cambios menores así que casi con un notepad o similar puedo sin problemas. Y luego en la página amiga el FB2converter te hace algunos apaños en un plisplas.
Y por cierto, si el archivo fuente no es un FB2 hago como peto, un pdf adaptado a 6 pulgadas junto un archivo .doc (bueno, .odt que es más compatible) para futuras modificaciones.