.prc es la extensión antigua, heredada de cuando el principal dispositivo sobre el que corría el Mobipocket eran las PDA. Me imagino que el cambio a .mobi sería cuando empezaran a popularizarse los lectores, pero eso ya no te lo sé decir. En principio, si el .prc corresponde a un archivo mobipocket (en las PDA originales esta extensión podía incluir más cosas) son absolutamente equivalentes.