A todos esos raros puedes hacer una cosa: en vez de pasarlos directamente a mobi con el calibre, genera el directorio de salida con el OPF y los html. Ese OPF ábrelo con el Creator y genera el Mobipocket. Por cierto, el Reader abre ePub y el Creator importa el html directamente para crear Mobipocket .
Y totalmente de acuerdo con no actualizar el calibre, yo lo hago cuando es estrictamente necesario