El propio calibre te está diciendo que no tienes el archivo original. Es decir, aunque el calibre tenga en la base de datos la novela, el ePub original (o el formato que sea) no está en disco.
Eso lo puedes mirar seleccionando un libro en el calibre, hacer click con el botón derecho del ratón y elegir "Abrir carpeta contenedora". Allí debe haber un fichero con el nombre de "cover.jpg", otro con el de "metadata.opf" y el libro en sí. Si no está, es que no está.