Para los que no quieran usar calibre (no me peguéis por favor ...), un forero de mobileread ha credo un programa (KEPUBIFY) de muy fácil uso que hace la conversión de epub a kepub, quedando listos para usarse en nuestro KOBO.
Sólo hay que arrastrar el epub sobre el programa (si usáis windows) y os creará un fichero kepub.epub en ese mismo directorio. Es mucho más rápido que calibre y parece que limpia el fichero un poco más (habrá que verlo).
Yo he probado con algunos epub y funcionan bien una vez transformados.
Hasta hace muy poco la versión para windows no funcionaba por un problema muy tonto con la descompresión, pero la versión actual va como un tiro.
Os dejo aquí el enlace por si alguien lo quiere probar: https://geek1011.github.io/kepubify/