Para convertir de pdf lo mejor es pasar a word, y desde ahí trabajar un porrón de horas para dejarlo ok. Se suelen ir a tomar viento saltos de línea, etc. Y como sea un libro técnico con formulas etc ya lo vas a flipar en colores. Si tienes que convertir muchos mejor buscarlos en epub, y sino están pues ya sabes que necesitarás muchas horas por cada libro, y pasando por varias apps en el proceso.

Básicamente, un conversor de pdf a doc (acrobat, abby, otros), un editor de docs (word, open office, atlantis, otros), un editor de epub (sigil, calibre, otros).

Un saludo.