El PDF es un formato finalista, por lo que pretender la transformación automática otro formato da siempre problemas. Si el pdf es de texto aún se puede conseguir algo, pero con errores en cambios de linea, párrafo... generalmente requiere mucha corrección manual. Si es un pdf de imagenes, es fácil que no consigas nada a no ser que lo pases por OCR y mucha corrección manual.

Mas te vale buscar los libros ya en epub o armarte de paciencia y muchhas horas de conversión prácticamente a mano.