Pues nada, al final me ha tocado hacer un reset de fábrica (que no ha tardado mucho) y me ha respetado bastantes cosas ya instaladas y ya me ha dejado actualizar. Luego he tenido que volver a rootear y demás... Un poco rollo, la verdad. Lo que sí he notado es que ahora sí funciona la función de oscurecer fuentes en aplicaciones de terceros.