Desde la ignorancia, simplemente he seguido las instrucciones que me ha dado Peto, después las instrucciones para cargar el plugin en Calibre, y lo he conseguido a la primera (ojo, solo quitar el DRM de libros de Amazon). Si yo lo he hecho, cualquiera puede. Ya digo, posiblemente el problema sea otro, pero por si acaso, pongo el comentario de Peto:

Pon "apprentice alf tools" en google. va por la 6.5.3. Descarga y sigue las instrucciones, que son bastante sencillas. Luego borra los libros que no consigues desproteger de Calibre y vuelve a meterlos. Lo de quitar y volver a añadir los libros que dan guerra has de hacerlo cada vez que modifiques las tools, porque si no los cambios no tienen efecto en esos libros y parece que no has arreglado nada.