He instalado la última version de Alreader y la verdad es que va muy bien. No he investigado todas sus opciones (modo profesional) en profundidad, pero a priori parece que todo funciona sin problemas. El libro que no me abre el jcoolreader lo abre rápido y correctamente. Tiene muchas opciones así que voy a seguir "trasteando", pero creo que ya he encontrado la alternativa al jcoolreader
EDITO: bueno, más o menos lo he dejado parecido al jcoolreader (aunque echo de menos la posibilidad de seleccionar palabras con doble toque para el diccionario y dejar el toque largo para las acciones en pantalla).