Los accesos directos son solo para las carpetas que hay dentro de "almacenamiento" y se crean allí mismo, no en la pantalla de inicio. Digamos que si tienes 100 carpetas o subcarpetas creadas, te permite crear 6 accesos directos a las que tú elijas en la primera pantalla que aparece cuando abres el "almacenamiento". Para tener acceso directo a las aplicaciones tendrías que ir a las fórmulas que comentas. Todo depende de lo que utilices y cómo utilices el lector. Yo he utilizado lanzadores alternativos para los lectores Boyue y Tolino (Smart Launcher y Nova Launcher), pero en los Onyx nunca. Me acostumbré a su funcionamiento y no lo he cambiado. El firmware Onyx solo permite sustituir en el "dock" el acceso al navegador por otra aplicación. Poca cosa.
Lo de la corrección "gamma" yo siempre la he utilizado para oscurecer las fuentes, por ejemplo, en CoolReader.
Con el tema de la batería estamos en el eterno debate. Mi experiencia con Onyx es que lo mejor es olvidarse del asunto, dedicarse a leer y cargar la batería cuando se agote. Yo soy muy agresivo con la iluminación y me fundo las baterías de cualquier lector, no solo Onyx, rápidamente. He probado mil cosas sin ningún resultado práctico. Lo único que funciona es volver a cargar el lector. Cuando llegas a ese convencimiento, te relajas y disfrutas.
Si has estado trasteando y cambiando cosas, yo no actualizaría. Ya digo que es fundamentalmente una actualización centrada en el programa de lectura NeoReader v2.0, que se puede actualizar igualmente por otra vía en caso de que lo utilices.