Puedes jugar con los metadatos, sobre todo con las etiquetas, para que te lo guarde según las etiquetas que te interesan.
Si te vas a Opciones -> Importar y exportar -> Guardar libros en disco, ahí tienes una casilla llamada 'Plantilla de guardado'. Ahí puedes indicarle cómo quieres que te guarde la biblioteca.
Por ejemplo, yo ahí tengo puesta esta instrucción:
{tags}/{author_sort}/{series}/{series_index} {title}
Esto significa que me crea estos niveles de carpetas y subcarpetas:
Etiquetas
Autor, siguiendo el orden de autor, o sea en la forma: Apellido, Nombre
Número de orden de ese libro concreto dentro de la serie, pegado al título del libro. Este último nivel ya no es una subcarpeta, sino que me pone ese número en el título del archivo epub, al guardarlo
Para un libro concreto, por ejemplo, esta es la estructura de carpetas que me crea:
Novela Francesa Siglo XIX
Balzac, Honore de
Comedia Humana (Editorial Lorenzana), La
8 Ursula Mirouet & Eugenia Grandet.epub
Una vez se ha puesto esa instrucción en 'Plantilla de guardado', esto me lo hace cuando doy en el botón 'Guardar en el disco'. Elijo la carpeta madre donde quiero meter la biblioteca (o parte de ella), y ya me crea toda la estructura de carpetas y subcarpetas.