Seguro que otros compañeros del foro que poseen ambas marcas te pueden aconsejar mejor.
Pero me atrevo a dar mi opinión por si te sirve de algo.
Yo tengo un kobo h2o. Y me encanta. Por lo que he leído en mobileread el Kobo glo hd también tiene muy buenas críticas de los primeros usuarios. En cuanto a pantalla, luz, construcción. A mi el software de kobo me gusta. Te da mucha libertad para configurar el texto. Y aquí tenemos a Surquizu que nos facilita sus parches para tener todavía más posibilidades.
La tienda y ecosistema de kobo no los he probado. Hasta ahora he leído libros cargados desde Calibre.
En cuanto a leer libros comprados en amazon creo que no hay problema. Creo que tendrías que quitarle el
drm y pasarlos, pero no lo he hecho todavía . (nunca entenderé que compremos un libro y no podamos moverlo a lector que queramos). A ver si otro compañero lo explica y así aprendo yo también.
Los libros en formato mobi no los he probado en el Kobo aunque se supone que los lee. Sin embargo, creo que no es su mejor formato. A mi encanta el formato kepub que es un epub especial de kobo. Con Calibre pasar de un formato a otro es cosa de niños.
Valora también la posibilidad de un kobo h2o. La pantalla es más grande y se nota. Mucho y para bien. En eso es totalmente diferencial. Yo creo que en 6 pulgadas, entre el pw3 y el glo hd, la decisión dependerá de detalles: ecosistema, personalización del texto, diccionarios. Los dos seguro que son muy buenos lectores y no te equivocas.