Voy a autoresponderme para cerrar el caso. Investigando un poco por foros extranjeros, parece ser que el PRS en algunas ocasiones después de ponerlo a cargar, deja un proceso activo, bien si no se expulsa correctamente el USB desde un ordenador o se usa un cargador de otro dispositivo.
Con los ordenadores es fácil evitarlo pero a veces, ciertos cargadores de algunos móviles, los ereaders los detectan como conexión USB. Interpretan que es un PC y esperan que el "dispositivo sea expulsado correctamente". En los foros lo denominaban " proceso zombie" y hace que este siga consumiendo batería a pasos agigantados, por eso muchas veces te puedes encontrar por la mañana el Reader seco si lo cargaste antes de acostarte.
En mi caso simplemente hice un apagado total y el problema se solucionó. Por si acaso también borré todos los libros que tenía en el dispositivo por si había alguno que estaba dando problemas.
No llegaré a los 2 meses de autonomía de un Kobo pero sí se mantiene unas semanas, lo cual sigue estando muy bien para este veterano reader que se se resiste a entregar la cuchara!