Eso depende de cada uno. Fundamentalmente son iguales. Para mí las 2 ventajas del firmware Onyx son la comodidad del Google Play Store y la incorporación de una tecla de refresco de pantalla, que viene muy bien para los programas no adaptados. (Y disponer de actualizaciones periódicas).
Pero realmente yo utilizo los mismos programas tanto en uno como en otro. Para instalar aplicaciones (salvo alguna específica vinculada a tu cuenta de Google) se pueden utilizar "markets" alternativos o la instalación manual de las mismas. Y la tecla de refresco depende del programa de lectura que utilices. En mi caso, para AlReader, que es el que uso de modo habitual, y para el CoolReader de Jotas no es necesaria. Para Moon+ Reader sí que me parece interesante. Por otra parte, con el firmware Onyx se pierde el acceso a la CdL y a la compra directa de libros.