Calibre companion. Tienes todas las posibilidades de ordenación de calibre, y se conecta directamente con él, permitiendo la sincronización como cualquier lector. Y enganchas con la aplicación de lectura que quieras.
Si puedo intento poner un par de capturas de cómo se ve la biblioteca.
Yo la tengo y te permite hacer cosas, pero para ordenación me parece algo escasa. Me gusta para y porque, de vez en cuando, en el teléfono no actualizado los libros y engancho a través de dropbox, que Mantano Pro te lo permite.
Para mí, la mejor combinación es Calibre Companion / Mantano. Companion me da la gestión de biblioteca y Mantano la lectura, guardándome la posición, además de que si tengo pocos libros la biblioteca va muy bien.
Calibre Companion lo están arreglando para eInk, y chaley responde en mobileread (aunque algunos piensen que no lo suficientemente rápido en según qué cosas :P ) Mantano en eInk creo que no va muy fino. No sé qué programa lector irá bien.