Gracias rubstan, de momento parece que el bicho aguanta después de haberle instalado el megaparche. Parece que problema viene por querer volcarle a través del Calibre más de 50 libros a la vez (el verdadero límite no sé cual es, la verdad); si tengo que meter más lo hago por "lotes" en la misma sesión, arranco Calibre, elijo 50 libros, le doy a copiar a ebook, mientras lo hace elijo otros cincuenta y otros tantos más etc... Y sí parece que va bien.
Lo que comentas es de mucha utilidad, al menos no hay que hacer todo de nuevo y menos volver a copiar los libros si los metes en la SD.
Saludos.