Un pequeño truco que seguramente te ayude.
En un documento word suele haber dos tipos de "enter"
Uno de ellos es un salto de linea (se pasa a la linea siguiente) y otros es un salto de parrafo (se comienza un nuevo parrafo).
En la mayoria de estas conversiones los falsos ENTER suelen ser saltos de linea.
Para corregirlos vas al word y con la opcion reemplazar le dices que reemplace "^L" por " " (un espacio en blanco).
Tambien es probable que hay opciones de
silabeo, pon lo que puedes decirle que reemplace "-^L" por "" (nada, es decir, en blanco sin espacio)
Despues te quedaran los saltos de pagina del libro original. Estos suelen ser saltos de parrafo.
Para sustituirlos cuando se hizo
silabeo usas: "-^p" por "" (nada) y reemplazas todos.
Los que no tienen
silabeo son mas complicados, pero son faciles de distinguir porque no acaban en un punto.
Por tanto buscas "^$^p" con lo que te los encontrara facilmente. Asi tambien te encontrara los capitulos, con lo que sera facil darles el formato adecuado (recomiendo marcarlos como TITULO2. La otra posibilidad es ",^p"