Acabo de hacer la actualización de forma manual y ya estoy arrepentido: las notas a pie de página han dejado de aparecer en ventana emergente, volviendo al viejo estilo de saltar a la página de la nota, etc. El libro es un ePub convertido a azw3 con Calibre.
Edito para añadir:
Haciendo pruebas he visto que para que aparezcan en ventana emergente las notas deben tener el enlace de vuelta al final de la nota (al estilo: [1] Nota. <<), y no al principio (al estilo: [1] Nota.). Este último estilo de poner las notas me ha estado funcionando hasta que he actualizado el PW2, ahora ya no.