Una aclaración: el Sony no tiene 6 escalas de grises, sino 8, lo cual es aún mejor.

Para el Sony sin la menor duda el mejor formato con diferencia es el LRF, que es su formato propio. Tiene el inconveniente de que solo lo podrás utilizar en el Sony y no podrás compartirlo con otros lectores, que no leen este formato, pero quitando ésto, todo lo demás son ventajas.

Otro formato que el Sony lee bastante bien es el RTF, que éste sí que está soportado por todo tipo de e-readers. Convertir un libro a RTF es realmente sencillo, cualquier aplicación ofimática como el archiconocido Microsoft Word tiene la opción de guardar en ese formato, simplemente abriendo el archivo original y dándole a "guardar como" y eligiendo RTF en lugar de DOC u otro.

Para elegir el tamaño de letra no hay ningún problema con ningún formato salvo con el PDF, que tiene un tamaño fijo que no se puede modificar. Con el resto puedes elegir entre tres tamaños distintos, desde pequeñito hasta gigante y un cuarto que te deja poner el texto apaisado, con lo que ganas bastante superficie de lectura.
La calidad de los textos es idéntica en todos los modelos de lectores, pues básicamente la pantalla es la misma. Con los gráficos la cosa cambia, ahí donde ibas a notar la diferencia de esos 8 niveles de grises del Sony respecto de los 4 del resto (ni que decir tiene que los 16 del iLiad son aún mejor). En textos no vas a notar la menor diferencia de unos a otros.
Por el formato del texto (las justificaciones y demás que comentabas) pues todo dependerá del texto original del que partas: hay circulando por internet libros perfectamente maquetados y que son idénticos al libro de papel y otros con los que han hecho auténticas chapuzas y que si quieres que quede bien tienes que retocar "a mano" durante mucho rato y pegarte un buen curro. Pero esto es independiente del lector que uses, el problema está en los archivos de texto: si quien escaneó el libro hizo un buen trabajo el lector lo leerá bien, si hizo una chapuza, el lector mostrará el documento tal cual, es decir, con sus errores incluídos. A mí me molesta especialmente que algunos libros no utilicen la sangría al comienzo de los párrafos o cuando hay un diálogo.

Por suerte, la mayoría de los libros que te puedes encontrar por la red están aceptablemente escaneados, pero quedas advertido de que también hay auténticos destrozos perpetrados por gente con buena voluntad pero escasos conocimientos.

En cuanto a lentitud a la hora de pasar de página, sí, el Sony es más lento que el Cybook, pero ten en cuenta que estamos hablando, si utilizas el formato LRF, de que le cuesta aproximadamente 1 segundo en total pasar la página. Al Cybook le cuesta incluso menos tiempo, pero ya ves que estamos hablando de tiempos muy cortos, en ningún caso vas a tener que esperar una eternidad para continuar leyendo. Sí que se nota bastante diferencia según en qué formato esté el texto. Un PDF es más lento y pesado de manejar que un RTF, un TXT o un LRF. Por orden de rapidez, creo que iría más o menos así, de más a menos rápido:

LRF
TXT
RTF
HTML
PDF