Si el problema reside en esto, entonces mis indicaciones estan totalmente erradas.
Para empezar debo decir que cada formato tiene sus limitaciones. Hay algunos muy limitados (como el LRF), otros menos limitados (como el FB2) y alguno con muy pocas limitaciones (como el EPUB).
Cuando conviertes un formato a otro siempre vas a terminar con las limitaciones de AMBOS formatos. Por tanto es siempre buena idea partir de un formato que casi no tenga limitaciones (HTML o DOC son mis recomendaciones).
Pongamos un ejemplo:
Imaginemso un libro que tiene sobrerayados, listas y tablas.
Todos estos elementos se soportan perfectamente en formto HTML o DOC, con lo que no tienen problemas.
Pero si pasamos este formato a MOBI, perderemos automaticamente los sobrerayados. Si despues pasasemos a EPUB, tendriamos un epub sin sobrerayados, aunque este formato los soporte perfectamente.
Imaginemos que pasamos a FB2. En ese momento perderiamos las listas (no hay etiquetas en FB2 para las listas o para los sobrerayados). Su posterior conversion a EPUB haria perder esas cualidades.
Pero si los pasamos a LRF, ademas perderemos las tablas.
Recordar que nunca es buena idea convertir de un formato de libro electronico a otro, pues hay perdidas inevitables ocasinadas por las limitaciones del formato. A ello debemos añadir que ningun conversor es perfecto y esto añadira aun mayor distorsion. El calibre es bastante podre en este aspecto y genera libros que ni siquiera a veces ni pasan un test de compatibilidad con el estandar.
Por si aun hubiera pocos problemas, el FB2 es un formato muy mal definido. El estandar no es conciso y que los ejemplos esten en ruso no ayuda nada. En cuanto a la parte de estilos esta sin definir. Esto hace que cada programa soporte los estilos de manera diferente o que simplemente no los soporte. Intentar algo tan simple como alinear un titulo a la izquierda usando el FBReader y vereis que no funciona. Por otra parte con el CR3 podeis hacer cosas que claramente no estan en el estandar y este programa las interpretara como un campeon.
Por tanto la mejor idea es partir de un DOC o de un HTML y a partir de ahi generar el resto de los formatos. Es la estrategia que he seguido con el QualityEpub y podreis ver que los resultados son siempre buenos.
Espero haberos resultado de utilidad. Si alguien quiere conocer en mas profundidad las diferentes limitaciones no tiene mas que preguntar.