En principio escogí NTFS por mera superstición (FAT es más proclive a la pérdida de datos??), pero si atendéis a Wikipedia FAT32 es mucho más conveniente:
1º Permite clústers más pequeños, 32bits, frente a 512bytes.
2º Cito textualmente en relación a NTFS: "El tamaño mínimo recomendado para la partición es de 10 GB".
Además de lo ya dicho:
Lo que me suscita una duda que Juan podrá resolverme:
¿La partición en NTFS te la lee sin problemas?
Una última paregunta para @Fis2:
Así es como lo tienes en la tableta?? Link2SD te carga el script de arranque sin problemas?? Como nemo subraya con tanta insistencia la conveniencia de realizarlo en ext3 siquiera se me ocurrió probar con otros sistemas.