He tardado unos días en actualizar porque me he pasado medio (o más) finde configurando un ePub "perfecto". Hecho desde cero para asegurarme de que no hay nada raro en el código que pueda dar fallos en el aparato y después de pegarme con Sigil (ya ni recordaba cuándo fue la última vez que escribí tanto <br />...) y analizarlo repetidas veces hasta que FlightCrew y Sigil dieron el OK, lo probé en el cacharrito.
Lo analicé con los tres lectores que permite elegir y el resultado fue este:
Con CoolReader el concepto salto de página en cada capítulo es inexistente, todo el texto seguido, y como os podéis imaginar una "delicia" para el ojo (al menos para el mío). Los estilos del CSS bastante correctos. Los <br /> que tanto trabajo me tomé en escribir decidió que no existían, así que en el próximo usaré otra etiqueta a ver qué tal va, vamos divertidísimo puede ser hacerlo. Las notas a final de texto funcionan perfectamente. Y la posibilidad de hacer anotaciones flojilla, permite señalar un texto y dejarlo marcado, eso es lo que entiende por anotación. (Creo que sería interesante para esto la aplicación que aprendedor enlazó).
Con FBReader respeta los capítulos y los <br /> le gustan, peeeeero los estilos los reinterpreta a su gusto. Eso sí, las notas a fin de texto funcionan correctamente y el concepto anotación tan "bueno" como el del CoolReader.
Finalmente probé con PDF Reader y ha sido el que más me ha convencido. Las anotaciones permiten marcar el texto y hacer una pequeña aclaración. Las notas a fin de texto funcionan también correctamente, mantiene los estilos, respeta cambios de página en los principios de capítulo, etc. He de decir que me parece la que mejor emula la experiencia de leer en un libro impreso.
Todas ellas tienen el inconveniente de no hacer correctamente la división con guiones, imagino que le faltarán las pautas correctas, pero encontrarnos un "maravil-loso" por ejemplo...
Y, de momento, esta ha sido mi experiencia con los ePub.