No es una chorrada, rosmar. La forma que debe tener un ePub está bastante normalizada, otra cosa es que luego, a la hora de visualizar, esa normalización se la pasen habitualmente las herramientas por el forro. De hecho, tiene razón en que un epub tiene un css, varios html, un odf (u opf, no recuerdo), un mime-type que debe ser el último del archivo.... tiene un montón de convenciones.
Y por cierto, calibre no añade definiciones en los html, todos los formatos van en un css aparte. La norma no te dice el nombre que deben tener sino el contenido con determinados estilos. Y calibre no genera estilos repetidos, por cierto, es más, si se modifica el css lo analiza para eliminarlos.
Que cada uno hagamos lo que nos salga del pie no quiere decir que la norma no exista. De hecho, dado que existe una herramienta de validación del epub, entiendo que algo tendrá que validar aparte de la extensión