Sí, he usado Calibre en todo el proceso, a continuación paso a explicar más en detalle los pasos:
1ro. Equivalente al paso 3 del minitutorial (.rar a .cbr) puesto que las imágenes ya las tenía comprimidas en un .rar
2do. Igual al paso 4 del minitutorial
3ro. Igual al paso 5 del minitutorial
4to. Elijo el formato de entrada cbr y el formato de salida pdf
5to. En la columna de la izquierda dentro del apartado "configuración de página", en la sección "perfil de salida", elegí "Sony Reader Landscape"
6to. Le di aceptar y luego de la conversión lo pasé al Lector.
7mo. Dentro del lector abro el archivo .pdf y modifico el modo de página a "ajuste anchura horizontal" (botón Menú - Personalizar visualización - Modo de página - Ajuste anchura horizontal)
Como mencionaste el archivo resultante en .pdf termina pesando más que el original pero ya no existe ese problema de cortado de página en modo apaisado (parte de la imagen no se muestra) que me ha solido ocurrir con cada conversión a .epub que he intentado. Por otro lado, en el apartado "entrada de cómic" existe la opción "ajustar al ancho", que creo puede ser útil; si bien aun no la he probado voy a seguir experimentando y postearé los resultados más adelante. Lo que no sé es si los resultados van a variar según el cómic o manga a visualizar. Seguiré informando