BQ Cervantes 2

Hola a todos! Seguro que mi duda ya está resuelta en algún otro post ...pero el caso es que no tengo mucho tiempo para leerlo todo, espero que me comprendais ;)

Veréis, me he comprado en BQ Cervantes 2, el objetivo principal de la compra de este lector, es que quería ahorrarme unos euros en la compra de libros de la universidad(uned,para más señales)

Pero claro, los pdfs que tengo descargados de los libros en cuestion, son pdf de libros escaneados,en donde cada página son dos,como ya supondreis... He utilizado programas de corte de paginas que funcionan muy bien, y cuando abro los pdfs en el ordenador aparecen perfectamente recortados...pero al pasarlo al lector, vuelve a estar igual,con sus dos hojas por pagina...
En fin,la pregunta es ¿si le cambio el formato se arreglará el problema? Y si es así, ¿cual es el mejor programa para pasar un pdf a epub o doc?

De antemano,muchas gracias !! :x